A estrutura organizacional da FUNSSEST é composta pelo Conselho Deliberativo, Diretoria Executiva e Conselho Fiscal.
Conselho Deliberativo
O Conselho Deliberativo é composto por seis membros, associados à Funssest, sendo quatro indicados pelas patrocinadoras e dois eleitos pelos participantes, todos com mandato de três anos. Compete a este Conselho a fixação das políticas e diretrizes fundamentais para a Funssest, bem como a política geral dos planos de benefícios previdenciários e dos planos de assistência à saúde.
Conselho Fiscal
Ao Conselho Fiscal cabe a fiscalização permanente dos atos e operações da Funssest. É composto por três membros, filiados à Funssest, sendo um representante da Patrocinadora ou Instituidor dois representantes eleitos pelos participantes, todos com mandato de três anos.
Diretoria
Compete aos Diretores da FUNSSEST a direção, orientação e controle das atividades técnicas e administrativas relativas aos respectivos cargos.